Khi Ukraine giành được độc lập vào năm 1991, Yekhanurov bắt đầu làm việc cho chính quyền thành phố Kyiv, giám sát các cải cách kinh tế. Ông được bổ nhiệm làm Thứ trưởng Bộ Kinh tế Ukraine vào năm 1993, và sau đó đứng đầu Quỹ Tài sản Nhà nước của Ukraine (điều phối quá trình tư nhân hóa) từ năm 1994 đến năm 1997. Yekhanurov cũng từng giữ chức Bộ trưởng Bộ Kinh tế trong nội các của Pavlo Lazarenko trong một thời gian ngắn. 1997. Ông được bầu làm thành viên quốc hội Ukraine, Verkhovna Rada, năm 1998.

Khi Viktor Yushchenko được bổ nhiệm làm Thủ tướng Ukraine năm 1999, Yekhanurov tham gia nội các của mình với tư cách Phó Thủ tướng thứ nhất. Sau khi lật đổ chính phủ vào năm 2001, Yekhanurov gia nhập Liên minh Nhân dân Ukraine của Yushchenko và được bầu lại làm thành viên quốc hội. Tháng 6 năm 2002, ông được bổ nhiệm làm Trưởng ban Nhà nước về Chính sách Công nghiệp và Doanh nhân.

Sau Cách mạng Cam năm 2005, Yekhanurov được bổ nhiệm làm Cục trưởng Cục Quản lý Nhà nước Dnipropetrovsk Oblast (tức là thống đốc) vào ngày 1 tháng 4 năm 2005. Ông cũng được bầu làm người đứng đầu Ban Chấp hành Trung ương của Liên minh Nhân dân Đảng Ukraine của chúng tôi.